Omistajaohjauksesta vastaa valtioneuvoston kanslian omistajaohjausosasto. VR-Yhtymä Oy:n toimiala on rautatieliikenteen ja autoliikenteen harjoittaminen ja muu siihen liittyvä ja sitä tukeva palvelutoiminta joko välittömästi tai tytär- ja osakkuusyritysten kautta.
Rataverkon omistus ja hallinnointi kuuluu liikenne- ja viestintäministeriön alaiselle Liikennevirastolle. Rautatieturvallisuutta ja rautatiejärjestelmien yhteensopivuutta puolestaan valvoo ja kehittää liikenne- ja viestintäministeriön alainen Liikenteen turvallisuusvirasto Trafi.
VR-konsernin suurin tytäryhtiö on ratojen kunnossapito- ja rakentamistoimintaa harjoittava VR Track Oy. VR-konserniin kuuluvat myös Pohjolan Liikenne -yhtiöt, jotka harjoittavat matkustajaliikennettä. VR-konserniin kuuluvat muut yhtiöt on mainittu hallituksen toimintakertomuksen liitteessä.
